Часто встречаю когда пишут Харьков-Главное..., хотя по правилам топонимики название объекта дается в соответствии с грамматическими и орфографическими правилами языка написания..
В данном случае:
Название объекта -локомотивное депо
Географическая привязка-Харьков
Город Харьков (как подлежащее и сказуемое) отвечает на вопрос "он-она", в нашем случае - "он"
Следовательно, так как географическая привязка превалирует над названием объекта то написание объекта должно выглядеть как депо Харьков-Главный, точно так же как например и название станции Харьков-Пассажирский. Если будете кричать, что ты не прав и т.д, то это не отсебятина, а аргументированный развернутый ответ. В качестве доказательства можно было бы опубликовать к примеру бланк станции Харьков-Пассажирский, но как я понимаю раздела ж.д. документов тут нет и не предвидится, поэтому публикация невозможна.

Не хочу рушить Вашу стройную теорию, но она сталкивается с суровыми реалиями документации. Как и депо называется Харьков-Главное, не считаясь ни с какими правилами топонимики, так и станции, например Киров-Заводская, Березники-Сортировочная, Тбилиси-Пассажирская и т.д. И это не отсебятина, а документально утвержденные названия.